Doanh nghiệp mới chọn phương pháp tính thuế GTGT: khấu trừ hay trực tiếp

Nói gọn: phương pháp khấu trừ hợp với doanh nghiệp bán cho khách là doanh nghiệp, có chi phí đầu vào đáng kể và giữ được sổ sách, hoá đơn đầy đủ. Phương pháp trực tiếp trên doanh thu hợp với doanh nghiệp rất nhỏ, bán chủ yếu cho người tiêu dùng, đầu vào ít. Nhưng doanh nghiệp mới không được chọn hoàn toàn theo ý thích: có ngưỡng doanh thu bắt buộc khấu trừ, có điều kiện đăng ký tự nguyện, và có thời gian phải giữ ổn định phương pháp đã chọn.

Chọn sai không phải thảm hoạ, nhưng sửa lại mất thời gian và có khi mất cả khách. Phần dưới đi từ khác biệt thực tế giữa hai phương pháp tới bốn câu hỏi giúp tự quyết, rồi tới thủ tục.

Hai phương pháp khác nhau ở những chỗ nào

Luật Thuế giá trị gia tăng 48/2024/QH15 có hiệu lực từ 1/7/2025, với các mức thuế suất 0%, 5%, 10% áp dụng cho phương pháp khấu trừ; tỷ lệ phần trăm trên doanh thu của phương pháp trực tiếp được quy định theo từng nhóm ngành. Ngoài ra còn chính sách giảm thuế 2% cho một số nhóm hàng hoá, dịch vụ theo nghị quyết của Quốc hội — nên tra thời hạn áp dụng tại thời điểm lập hoá đơn.

Khi nào không còn quyền chọn

Hai tình huống khiến câu hỏi “chọn gì” không còn đặt ra:

• Doanh thu năm đạt ngưỡng bắt buộc khấu trừ theo Luật Thuế giá trị gia tăng. Khi đó doanh nghiệp phải áp dụng khấu trừ, trừ một số trường hợp luật loại trừ. Con số ngưỡng và cách xác định doanh thu để so ngưỡng nên tra trong luật và nghị định hướng dẫn đang hiệu lực, vì cách tính cho doanh nghiệp chưa đủ 12 tháng hoạt động có quy định riêng.
• Một số hoạt động luôn tính theo phương pháp trực tiếp, ví dụ kinh doanh vàng bạc, đá quý có quy định riêng về cách tính. Doanh nghiệp có hoạt động loại này phải tách riêng.

Với doanh nghiệp mới chưa có doanh thu năm trước để so, luật cho phép đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ. Nếu không đăng ký, doanh nghiệp đi theo phương pháp mặc định áp dụng cho trường hợp của mình. Vì vậy câu hỏi thực tế với công ty mới thường là: có nên đăng ký tự nguyện khấu trừ ngay từ đầu không.

Bốn câu hỏi để tự quyết

1. Khách hàng chính là ai? Nếu phần lớn khách là doanh nghiệp đang khấu trừ thuế, họ gần như chắc chắn muốn nhận hoá đơn giá trị gia tăng. Bán hoá đơn bán hàng cho họ, bạn buộc phải hạ giá hoặc mất khách. Nếu khách chủ yếu là người tiêu dùng, lợi thế này không đáng kể.
2. Chi phí đầu vào có hoá đơn chiếm tỷ trọng lớn không? Xưởng sản xuất, đơn vị thương mại nhập hàng, công ty xây dựng có nhiều đầu vào chịu thuế — khấu trừ giúp số phải nộp phản ánh đúng phần giá trị tăng thêm. Công ty dịch vụ tư vấn chủ yếu là chi phí lương thì phần đầu vào nhỏ.
3. Năm đầu có đầu tư lớn không? Mua máy móc, sửa văn phòng, nhập lô hàng đầu tiên đều sinh thuế đầu vào lớn khi chưa có doanh thu. Với phương pháp khấu trừ, số này được theo dõi để khấu trừ dần hoặc xét hoàn trong trường hợp luật cho phép; với phương pháp trực tiếp thì không.
4. Có người làm sổ sách đều đặn không? Khấu trừ đòi hỏi mỗi hoá đơn đầu vào phải hợp lệ, hoá đơn từ 5 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, người bán phải còn hoạt động bình thường. Không có người theo dõi thì quyền khấu trừ trên giấy sẽ rơi rụng khi bị kiểm tra.

Ba “có” trở lên thì khấu trừ gần như là lựa chọn đúng. Ba “không” thì trực tiếp đơn giản hơn trong giai đoạn đầu, và có thể chuyển sang khấu trừ khi quy mô tăng.

Ví dụ giả định để thấy chênh lệch

Giả sử một công ty mới bán thiết bị văn phòng cho doanh nghiệp, trong quý đầu bán được 600 triệu đồng chưa thuế, mua hàng đầu vào 450 triệu đồng chưa thuế, đều chịu thuế suất 10% và giả định không thuộc diện giảm thuế.

• Theo khấu trừ: thuế đầu ra 60 triệu, thuế đầu vào 45 triệu, số phải nộp 15 triệu đồng. Khách nhận hoá đơn có ghi 60 triệu tiền thuế và khấu trừ được phần này.
• Theo trực tiếp: số phải nộp bằng tỷ lệ phần trăm của nhóm ngành thương mại nhân với doanh thu. Khách nhận hoá đơn bán hàng, không có thuế đầu vào để khấu trừ; 45 triệu thuế công ty đã trả khi mua hàng trở thành một phần giá vốn.

Con số ở đây chỉ để minh hoạ cơ chế. Khi tính thật, cần áp đúng tỷ lệ phần trăm theo ngành đang hiệu lực và kiểm tra hàng hoá có thuộc diện giảm thuế trong kỳ hay không.

Thủ tục: đăng ký ở đâu, chuẩn bị gì

Phương pháp tính thuế dự kiến đã được khai trong phần thông tin đăng ký thuế của hồ sơ thành lập. Nếu muốn đăng ký tự nguyện áp dụng khấu trừ, doanh nghiệp nộp văn bản đăng ký theo mẫu tại thông tư hướng dẫn đang có hiệu lực cho cơ quan thuế quản lý. Từ 1/7/2026, bộ thông tư về quản lý thuế và đăng ký thuế đã được thay mới (Thông tư 89/2026/TT-BTC và Thông tư 90/2026/TT-BTC), nên tên mẫu và thời hạn nộp cần tra lại trên văn bản đang hiệu lực, không dùng mẫu cũ.

Phương pháp đã đăng ký thường phải giữ ổn định trong một thời gian tối thiểu theo quy định. Vì vậy đừng đăng ký cho “thử”; quyết định dựa trên kế hoạch kinh doanh ít nhất hai năm tới.

Lỗi hay gặp và nơi tự kiểm tra

• Đăng ký khấu trừ nhưng lập hoá đơn bán hàng vì nhà cung cấp giải pháp cài sẵn mẫu sai. Kiểm tra mẫu hoá đơn trước lần xuất đầu tiên.
• Chọn trực tiếp rồi ký hợp đồng lớn với khách doanh nghiệp, tới lúc lập hoá đơn mới biết khách không nhận hoá đơn bán hàng. Nói rõ loại hoá đơn khi đàm phán giá.
• Khấu trừ nhưng trả tiền mặt cho hoá đơn lớn. Hoá đơn từ 5 triệu đồng trở lên không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì không được khấu trừ.
• Không theo dõi hoạt động không chịu thuế. Doanh nghiệp vừa có hàng chịu thuế vừa có hàng không chịu thuế phải phân bổ thuế đầu vào dùng chung, không được khấu trừ toàn bộ.

Sau khi đăng ký, tự kiểm tra trên trang tra cứu thông tin người nộp thuế và tài khoản thuế điện tử: phương pháp tính thuế đang được ghi nhận là gì, danh sách tờ khai phải nộp đã đúng loại chưa. Trên cổng hoá đơn điện tử, kiểm tra loại hoá đơn đã được chấp nhận. Có điểm nào không khớp thì hỏi ngay cơ quan thuế quản lý thay vì chờ tới cuối quý.