Công ty mở phòng khám kèm nhà thuốc: phần không chịu thuế GTGT, phần chịu thuế và việc năm đầu

Công ty mở phòng khám kèm nhà thuốc phải chia doanh thu thành ít nhất hai nhóm ngay từ ngày đầu: dịch vụ khám, chữa bệnh thuộc diện không chịu thuế GTGT, còn bán thuốc thuộc diện chịu thuế — thuốc phòng bệnh, chữa bệnh ở mức 5%, nhiều mặt hàng khác bày ở quầy (thực phẩm chức năng, mỹ phẩm, vật dụng thông thường) thường ở mức 10%. Vì có cả doanh thu không chịu thuế lẫn chịu thuế, thuế GTGT đầu vào dùng chung (tiền thuê mặt bằng, điện, sửa chữa, thiết bị văn phòng) phải phân bổ, không được khấu trừ toàn bộ.

Thủ tục chuyên môn — giấy phép hoạt động khám bệnh, chữa bệnh, chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh dược, chứng chỉ hành nghề — là một tuyến riêng với cơ quan y tế, bài này không bàn. Phần dưới chỉ nói việc thuế: tách doanh thu, phân bổ đầu vào, hoá đơn, trả tiền bác sĩ và câu hỏi nên gộp một công ty hay tách hai.

Ba nhóm doanh thu và cách thuế GTGT đối xử

Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15 là văn bản gốc cho cả ba nhóm. Chỗ dễ sai nhất là coi mọi thứ bán ở nhà thuốc đều là “thuốc”: một hộp vitamin là thực phẩm chức năng hay thuốc phụ thuộc vào số đăng ký lưu hành của sản phẩm, không phụ thuộc vào việc nó nằm trên kệ nào. Khi nhập hàng, ghi nhận luôn nhóm thuế suất của từng mã hàng trong phần mềm bán hàng, đừng để đến cuối kỳ mới phân loại.

Một điểm khác: thuốc bán trong gói điều trị (ví dụ thuốc dùng ngay trong buổi thủ thuật) và thuốc bán lẻ theo đơn cho bệnh nhân mang về có thể được thể hiện khác nhau trên hoá đơn. Thống nhất cách làm với kế toán và hỏi cơ quan thuế quản lý nếu mô hình thu tiền theo gói.

Phân bổ thuế GTGT đầu vào dùng chung: ví dụ số

Nguyên tắc: thuế đầu vào dùng riêng cho hoạt động chịu thuế (thuốc mua vào để bán) được khấu trừ toàn bộ; dùng riêng cho dịch vụ không chịu thuế (vật tư tiêu hao trong khám chữa bệnh) thì không được khấu trừ mà tính vào chi phí; phần dùng chung thì phân bổ, thường theo tỷ lệ doanh thu chịu thuế trên tổng doanh thu.

Giả sử một quý:

• Doanh thu khám chữa bệnh: 1,2 tỷ đồng (không chịu thuế)
• Doanh thu bán thuốc và hàng khác: 0,8 tỷ đồng (chưa gồm thuế GTGT)
• Thuế GTGT đầu vào dùng chung (tiền thuê mặt bằng, sửa chữa, điện, thiết bị văn phòng): 40 triệu đồng

Tỷ lệ doanh thu chịu thuế = 0,8 / 2,0 = 40%. Thuế đầu vào dùng chung được khấu trừ = 40 × 40% = 16 triệu đồng; 24 triệu đồng còn lại không được khấu trừ, tính vào chi phí. Tỷ lệ tạm tính theo kỳ, cuối năm thường phải tính lại theo doanh thu cả năm — kiểm tra hướng dẫn hiện hành về cách điều chỉnh.

Gộp một công ty hay tách hai pháp nhân

Nhiều người mở phòng khám hỏi có nên lập riêng một công ty dược để giữ nhà thuốc tách bạch. Không có đáp án chung, nhưng có thể đặt hai cách cạnh nhau. Giả sử cùng số liệu quý ở trên, và thuế đầu vào dùng chung được chia theo diện tích sử dụng khi tách (nhà thuốc dùng 30% mặt bằng):

Trong ví dụ này, tách hai pháp nhân không làm tăng thuế đầu vào được khấu trừ, mà còn thêm một bộ sổ và các giao dịch nội bộ phải có chứng từ. Tách thường chỉ đáng khi nhà thuốc có khách vãng lai lớn, có kế hoạch mở chuỗi riêng, hoặc có người góp vốn khác chỉ tham gia mảng dược. Không nên tách chỉ để “chia nhỏ doanh thu” cho lọt dưới một mốc thuế suất — cách đó dễ bị nhìn là chia tách giả.

Hoá đơn: bán lẻ thuốc và thu tiền khám

• Nhà thuốc bán lẻ cho người tiêu dùng nên dùng hoá đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền, kết nối chuyển dữ liệu với cơ quan thuế. Mỗi lần bán đều có hoá đơn, kể cả khi khách không lấy.
• Dịch vụ khám chữa bệnh tuy không chịu thuế GTGT nhưng vẫn phải lập hoá đơn cho khách theo quy định về hoá đơn, trên hoá đơn thể hiện đúng là không chịu thuế.
• Thu theo gói (khám + thuốc + xét nghiệm): tách từng phần trên hoá đơn theo đúng nhóm thuế, đừng gộp một dòng “gói khám”.
• Khách có bảo hiểm: phần thanh toán qua bảo hiểm y tế hoặc bảo hiểm thương mại cần đối chiếu riêng với bên chi trả; doanh thu vẫn ghi nhận đủ.

Từ 1/7/2026, quy định về hoá đơn, chứng từ điện tử được hướng dẫn theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC. Trước khi chọn giải pháp hoá đơn, đọc lại yêu cầu ở văn bản đang hiệu lực.

Trả tiền bác sĩ làm ngoài giờ và cộng tác viên chuyên môn

Phòng khám tư thường có bác sĩ chính thức ở bệnh viện đến khám buổi tối, cuối tuần. Cách khấu trừ thuế thu nhập cá nhân phụ thuộc vào hợp đồng:

Giả sử một bác sĩ nhận 8 triệu đồng/tháng cho các buổi khám ngoài giờ, không có hợp đồng lao động: phòng khám khấu trừ 800 nghìn đồng mỗi tháng. Bác sĩ đó đã có lương ở nơi chính thì không đủ điều kiện làm cam kết để không bị khấu trừ, và cuối năm phải tự quyết toán gộp hai nơi. Phòng khám cần giữ hợp đồng cộng tác, bảng chấm buổi, chứng từ chuyển khoản và cấp chứng từ khấu trừ cho từng người.

Năm đầu: lịch việc và chỗ tự kiểm tra

1. Tháng đầu: tài khoản thuế điện tử, chữ ký số, đăng ký hoá đơn điện tử (có máy tính tiền cho quầy thuốc), thông báo tài khoản ngân hàng.
2. Trước ngày mở cửa: cài danh mục hàng có nhóm thuế suất; tách mã dịch vụ khám và mã hàng bán.
3. Mỗi kỳ khai GTGT: tách đầu vào riêng — chung, tính tỷ lệ phân bổ, lưu bảng tính.
4. Hằng tháng: khấu trừ thuế TNCN cho bác sĩ, nhân viên; lưu bảng chấm công, buổi khám.
5. Cuối năm: tính lại tỷ lệ phân bổ theo cả năm, chuẩn bị quyết toán. Nghị quyết 198/2025/QH15 miễn thuế TNDN 3 năm cho doanh nghiệp nhỏ và vừa thành lập mới — tra điều kiện, và nhớ miễn thuế vẫn phải quyết toán.

Tự kiểm tra ở đâu: trang tra cứu thông tin người nộp thuế (mã số, ngành nghề, cơ quan thuế quản lý); tài khoản thuế điện tử (phương pháp tính thuế, kỳ khai, tờ khai đã nộp); cổng hoá đơn điện tử (hoá đơn máy tính tiền đã chuyển dữ liệu chưa, hoá đơn đầu vào có đúng tên công ty không). Câu hỏi về xếp nhóm thuế suất của một mặt hàng cụ thể: hỏi thuế cơ sở quản lý, kèm số đăng ký lưu hành của sản phẩm.