Muốn đóng chi nhánh mà công ty vẫn hoạt động, doanh nghiệp ra quyết định chấm dứt hoạt động chi nhánh, hoàn tất nghĩa vụ thuế của chi nhánh tại cơ quan thuế đang quản lý chi nhánh, rồi nộp hồ sơ chấm dứt hoạt động chi nhánh tới cơ quan đăng ký kinh doanh. Mã số thuế 13 số của chi nhánh được chấm dứt hiệu lực khi cơ quan thuế xác nhận chi nhánh không còn nghĩa vụ, thông tin trao đổi qua liên thông.
Điểm khác biệt quan trọng với giải thể: chi nhánh không có tư cách pháp nhân. Mọi khoản thuế, hoá đơn, công nợ còn dở của chi nhánh không biến mất khi chi nhánh đóng mà chuyển thành trách nhiệm của công ty. Làm sạch trước khi đóng rẻ hơn nhiều so với gỡ sau.
Chi nhánh đang khai thuế theo kiểu nào
Câu hỏi đầu tiên quyết định khối lượng công việc: chi nhánh tự khai thuế với cơ quan thuế quản lý chi nhánh, hay công ty khai tập trung tại trụ sở chính?
| Cách khai | Nghĩa là | Khi đóng chi nhánh |
|---|---|---|
| Chi nhánh tự khai | Chi nhánh có tờ khai, tài khoản thuế, có thể có hoá đơn riêng; nộp tại cơ quan thuế quản lý chi nhánh | Phải khai, quyết toán, nộp hết tại cơ quan thuế quản lý chi nhánh |
| Khai tập trung tại trụ sở | Nghĩa vụ của chi nhánh đã nằm trong tờ khai của công ty (có thể kèm phân bổ cho địa phương nơi có chi nhánh theo quy định) | Ít việc hơn, chủ yếu là xác nhận không còn nghĩa vụ riêng và dừng các phần phân bổ |
Cơ quan thuế quản lý chi nhánh có thể khác cơ quan thuế quản lý trụ sở, nhất là khi chi nhánh ở tỉnh khác. Sau khi cả nước còn 34 tỉnh, thành phố và bộ máy thuế sắp xếp lại ba cấp, tra lại cơ quan thuế quản lý chi nhánh bằng mã số thuế 13 số trên trang tra cứu, đừng dựa vào tên cũ.
Trình tự chấm dứt từng bước
- Quyết định chấm dứt hoạt động chi nhánh theo thẩm quyền tại điều lệ công ty.
- Rà nghĩa vụ thuế của chi nhánh trên tài khoản thuế điện tử của chi nhánh (nếu tự khai): tờ khai thiếu, số nợ, tiền chậm nộp, tiền phạt.
- Khai, quyết toán các loại thuế chi nhánh tự khai tới thời điểm chấm dứt; nộp hết số phải nộp.
- Xử lý hoá đơn của chi nhánh: lập đủ hoá đơn cho giao dịch còn lại, xử lý sai sót, dừng sử dụng.
- Điều chuyển tài sản, hàng hoá, người lao động về trụ sở hoặc đơn vị khác.
- Nộp hồ sơ chấm dứt hoạt động chi nhánh tới cơ quan đăng ký kinh doanh nơi chi nhánh đặt trụ sở, theo mẫu tại văn bản hướng dẫn đăng ký doanh nghiệp đang hiệu lực.
- Theo dõi cơ quan thuế xác nhận và chấm dứt hiệu lực mã số thuế chi nhánh; cơ quan đăng ký kinh doanh cập nhật tình trạng chi nhánh.
Thủ tục cụ thể và thời hạn nên tra tại văn bản đang hiệu lực, trong đó có Thông tư 90/2026/TT-BTC về đăng ký thuế từ 1/7/2026.
Hoá đơn, tài sản và số thuế còn được khấu trừ
- Hàng hoá, tài sản chuyển về trụ sở: đây là điều chuyển nội bộ giữa các đơn vị cùng một pháp nhân, lập chứng từ điều chuyển theo quy định về hoá đơn, chứng từ đang hiệu lực (Nghị định 254/2026/NĐ-CP, Thông tư 91/2026/TT-BTC). Không lập hoá đơn “bán” cho chính công ty nếu quy định không yêu cầu, cũng không bỏ trống chứng từ.
- Tài sản thanh lý cho bên ngoài: lập hoá đơn như giao dịch bán bình thường.
- Số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của chi nhánh (với chi nhánh tự khai): hỏi cơ quan thuế quản lý chi nhánh về cách xử lý khi chấm dứt, thường liên quan tới việc chuyển về trụ sở chính theo hướng dẫn. Đừng để số này “chết” trên tài khoản của một mã số thuế sắp đóng.
- Hợp đồng đang thực hiện của chi nhánh: chuyển sang trụ sở hoặc đơn vị khác bằng phụ lục, để hoá đơn từ nay lập đúng người bán.
Người lao động của chi nhánh
Người lao động tại chi nhánh là người lao động của công ty. Khi chi nhánh đóng:
- Người được chuyển về trụ sở hoặc đơn vị khác: cập nhật nơi làm việc, bảo hiểm; thu nhập trong năm vẫn là từ cùng một pháp nhân.
- Người nghỉ việc: giải quyết chế độ theo pháp luật lao động, chốt bảo hiểm, cấp chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân.
- Nếu chi nhánh tự khai thuế thu nhập cá nhân: phần khấu trừ đã khai tại chi nhánh cần được xử lý khi quyết toán. Thống nhất sớm giữa kế toán chi nhánh và trụ sở về việc ai quyết toán cho ai, để người lao động không bị khai trùng hoặc bị sót.
Những sai lầm làm hồ sơ chi nhánh kẹt lại
- Dọn văn phòng trước, lo thuế sau. Chi nhánh trả mặt bằng, nhân viên nghỉ hết, rồi mới phát hiện còn tờ khai thiếu. Lúc đó không còn ai ở địa phương để làm việc với cơ quan thuế quản lý chi nhánh, và cơ quan thuế xác minh địa chỉ thì không thấy ai.
- Nghĩ rằng đóng chi nhánh thì nợ của chi nhánh tự xoá. Như đã nói, nợ chuyển thành nghĩa vụ của công ty, và tiền chậm nộp vẫn chạy.
- Để chữ ký số của chi nhánh hết hạn giữa chừng. Chi nhánh tự khai thuế thì vẫn cần chữ ký số để nộp các tờ khai cuối cùng.
- Không ai chịu trách nhiệm chung. Kế toán chi nhánh nghĩ trụ sở lo, trụ sở nghĩ chi nhánh lo. Nên giao một người ở trụ sở làm đầu mối, theo dõi tới khi mã số thuế 13 số hiển thị đã chấm dứt.
- Nộp hồ sơ chấm dứt khi nghĩa vụ thuế chưa xong. Hồ sơ sẽ phải chờ, và chi nhánh nằm ở trạng thái lưng chừng lâu hơn cần thiết.
Việc, ai làm, hạn
| Giấy tờ, việc | Ai làm | Hạn |
|---|---|---|
| Quyết định chấm dứt hoạt động chi nhánh | Cấp có thẩm quyền theo điều lệ | Bước đầu tiên |
| Rà, nộp bù tờ khai và nợ của chi nhánh | Kế toán chi nhánh, kế toán trụ sở giám sát | Ngay sau quyết định |
| Khai, quyết toán tới thời điểm chấm dứt | Kế toán chi nhánh | Theo thời hạn tại Luật Quản lý thuế và văn bản hướng dẫn |
| Chứng từ điều chuyển tài sản, hàng hoá | Kế toán hai bên | Trước khi dừng hoá đơn |
| Chuyển hợp đồng, người lao động | Pháp chế, nhân sự | Trước ngày chấm dứt |
| Hồ sơ chấm dứt hoạt động chi nhánh | Người đại diện hoặc người được uỷ quyền | Sau khi nghĩa vụ thuế cơ bản đã xong |
| Theo dõi trạng thái mã số thuế 13 số | Kế toán trụ sở | Tới khi hiển thị đã chấm dứt |
Chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh và chỗ tự kiểm tra
Ba loại đơn vị này hay bị gọi lẫn. Văn phòng đại diện không kinh doanh, nghĩa vụ thuế thường chỉ liên quan tới lương; địa điểm kinh doanh có thủ tục đăng ký và chấm dứt riêng, không phải lúc nào cũng có mã số thuế riêng. Trước khi làm, xác định đúng loại đơn vị trên giấy tờ đăng ký. Nếu cần phân biệt kỹ, xem thêm phần chi nhánh, đơn vị phụ thuộc trên Thuế Số.
Tự kiểm tra: tra mã số thuế 13 số của chi nhánh trên trang tra cứu thông tin người nộp thuế để theo dõi trạng thái qua từng bước; đăng nhập tài khoản thuế điện tử của chi nhánh (nếu có) để chắc không còn tờ khai thiếu, không còn nợ; kiểm tra cổng hoá đơn điện tử để chắc hoá đơn của chi nhánh đã dừng. Mã số thuế 10 số của công ty vẫn hoạt động bình thường trong suốt quá trình.
Câu hỏi thường gặp
Chi nhánh còn nợ thuế thì công ty mẹ có phải trả không?
Có. Chi nhánh không có tư cách pháp nhân, nên nghĩa vụ của chi nhánh là nghĩa vụ của công ty. Chi nhánh đóng mà còn nợ thì công ty vẫn phải xử lý.
Chi nhánh khác tỉnh thì làm thủ tục ở đâu?
Thủ tục chấm dứt hoạt động nộp tại cơ quan đăng ký kinh doanh nơi chi nhánh đặt trụ sở; việc thuế làm với cơ quan thuế đang quản lý chi nhánh. Tra cơ quan thuế quản lý bằng mã số thuế 13 số.
Hàng tồn của chi nhánh chuyển về trụ sở có phải xuất hoá đơn không?
Điều chuyển nội bộ giữa các đơn vị cùng pháp nhân lập chứng từ theo quy định về hoá đơn, chứng từ đang hiệu lực. Loại chứng từ cụ thể tuỳ trường hợp, nên đối chiếu Nghị định 254/2026/NĐ-CP trước khi làm.
Chi nhánh khai thuế tập trung ở trụ sở thì đóng có cần quyết toán riêng không?
Thường không có quyết toán riêng vì nghĩa vụ đã nằm trong tờ khai của công ty, nhưng vẫn cần xác nhận với cơ quan thuế quản lý chi nhánh rằng chi nhánh không còn nghĩa vụ riêng trước khi chấm dứt.
Đóng chi nhánh có ảnh hưởng mã số thuế của công ty không?
Không. Mã số thuế 13 số của chi nhánh chấm dứt, còn mã số thuế của công ty vẫn hoạt động. Chỉ cần cập nhật các hợp đồng, hoá đơn từng gắn với chi nhánh.
Người lao động chi nhánh chuyển về trụ sở thì quyết toán thuế thế nào?
Thu nhập vẫn từ cùng một pháp nhân, nên công ty có thể quyết toán thay nếu người lao động đủ điều kiện uỷ quyền. Kế toán chi nhánh và trụ sở cần thống nhất để không khai trùng.
